年4月5日，在圣地亚哥附近，一场在整个革命战争中最残酷的战斗，决定了爱国者们在智利、阿根廷和秘鲁的全盘胜利。因为在秘鲁的大部分西班牙军队不是早已被击溃就是正同贝尔格拉诺作战，所以圣马丁能够完成他进占秘鲁的准备。指挥圣马丁的小型海军的，是托马斯科克伦勋爵。他是个刚勇的、有献身精神的英国海军军官。由于股票投机问题，当时他在国内名声不佳。除他之外，很多在拿破仑战争结束后失业的英国和美国军官也参加了圣马丁的队伍。
年，科克伦已拥有七只战船准备去攻打秘鲁，其中一只船上竟装备着六十门大炮。他封锁总督的各个港口达一年之久。他炮轰卡亚俄，袭击瓜亚基尔，还俘获过停泊在那里的一个西班牙舰队。年8月18日，有将近五千名士兵在瓦尔帕来索登船。随船还带去了足够装备另外一万五千人的武器和军装，因为圣马丁预计他的部队一登陆，就可能有这样多的秘鲁人来参加。圣马丁在启程前夜发布公告说：“南美洲对世界其他各地的影响，应当同它的财富和位置相称。这次远征，将要决定发挥这种作用的时刻是否已经到来。’
尽管是顺风，圣马丁还是用了几乎三个星期才到达利马以南约一百五十里的皮斯科。西班牙的总督要求给一个星期的时间讨论和解的条件。由于到期没有回讯，圣马丁把军队向北开到安孔。在那里，他住了几乎一年，认真地帮助进行争取独立和建立南美联盟的宣传工作。与此同时，科克伦勋爵把他的舰队停泊在利马的港口卡亚俄的外围。在港内，为了保卫利马免遭海上的任何侵略，除了卡亚俄要塞的重炮外，还有一艘装有四十门炮的快速战舰、两艘单桅战舰和十四艘炮艇。年11月5日夜晚，科克伦勛爵率领二百名志愿兵乘小船偷偷地登上了那只快速战舰。一掌握了这只战舰，他们便对西班牙舰队的其余船只有了压倒的优势。这一仗永远结束了皇家海军在太平洋的统治。
这惊险的海战功勋发生在距利马王室法庭如此之近的地点，致使该城大受震惊。人们开始云集到圣马丁的旗帜之下。原来派去攻打圣马丁的皇家军的一个团全部叛变，向圣马了投降。圣马丁正想尽量地不损失一兵一卒，于是收纳了这些新兵作为他愿意同已当上总督的拉塞尔纳谈判的一种表示。和谈随即开始，但是拉塞尔纳总督仍然不同意完全独立。年7月，圣马丁离开安孔向利马进军。这位总督知道他抵挡不住圣马丁的这支经过严格训练的军队，便鼓励市民躲到卡亚俄军营去或逃往山里。市民们逃跑的很多，以致当圣马丁来到时，利马几乎已成为一个空城。圣马丁并没有立即以征服者的身份进城，而是停驻在这首都的郊区，同时派去使者，说明他将仅以解放者的身份进城。他甚至提议由城里的官员们统率他手下的一部分人来保护财产维持治安。他这样的做法，再加上他进城时只由一个副官陪同，博得了很多恭维和称赞，因此年7月28日，人们献给了他“秘鲁的保护人”这个称号。
他为革除当地的恶俗弊习，为改善印第安人的境遇和废除奴隶制度，工作了一年的时间。他组织了一个在永久性宪法制定之前管理国家的临时政府。这时候，在拉塞尔纳领导下的保皇军正在内地进行训练，而圣马丁的军队由于闲散无事已丧失其战斗精神。他派出一个分队去侦察敌人的力量，竟被对方打得落花流水。圣马丁预见到他单独不能打败拉塞尔纳，于是从利马乘船到瓜亚基尔，在那里，他于年7月26日同大哥伦比亚的解放者西蒙玻利瓦尔会晤。
他们谈话的主题直到今天仍然是个谜。大多数历史学家认为玻利瓦尔提出了用哥伦比亚军队帮助他最后赶走保皇军的建议，作为交换条件，圣马丁可能答应担任一个次要的职位。这位活泼潇洒、容光焕发、健谈善辩的玻利瓦尔将军，当时的荣誉正处在登峰造极的地步，他似乎不会以附有条件的办法向别人提供援助。他和圣马丁都在梦寐以求地渴望建立一个南美洲各共和国的大联邦。他们两个人都知道如果这个大陆的心脏地区仍然控制在保皇军手里，他们的理想是永远不能实现的。圣马丁那时搞得疲惫沮丧。他已是四十四岁。在那个时代，四十四岁是令人尊敬的年华，特别是在他迫不得已做出了一番努力之后更是如此。但是，秘鲁的政局，他的追随者之间无休止的争吵，使他有所酲悟。贵族和统治阶级放弃了他们的民主原则，甚至进而驳斥谋求独立的思想，这使他灰心丧气。因此他悄悄地又乘船回到利马。
不管这两位巨人为拉丁美洲的独立讨论了些什么，在那次会谈之后不久，哥伦比亚便开来了军队增援圣马丁。然而一个月后，在第一届秘鲁联邦省制宪大会上，这位保护人主动放弃了他的职权。他在辞职时说：“我在一些国家作过战，我对这些国家所许下的诺言现在都实现了。我使他们获得了独立。现在我让他们去选择他们自己的政府。”他作为一个普通公民回到阿根廷。年他带着他唯一的女儿梅塞德斯从阿根廷到了法国，成了自愿流亡海外的人。年8月17日，他在滨海布洛涅逝世。他离开了他所解放的这些共和国，以避免政治分裂的灾难。但是他的伙伴玻利瓦尔却很快地被卷了进去。
