年1月18日，弗朗西斯科·皮萨罗建立利马，将其作为秘鲁总督区的首府。它最初被称为“诸王之城”（CiudaddelosReyes）。当时皮萨罗庄严地宣称，在沿海建立这个城市的目的是为上帝和国王服务。就在同一天，皮萨罗按照西班牙传统的区划模式，将城里的土地分片划给他的部下。利马变成了王权的展示地一一行政、仪式、经济、政73治和社会统治中心。至少在西班牙人出现的第一个世纪里，它控制的地理空间大于印加帝国。几乎所有重要的殖民地机构，包括总督、检审庭、市政议会、大主教和宗教裁判所都以利马为中心。按现代的标准，利马是一个国际性大都会，有许多来自不同大陆的人。
根据年的人口统计，利马人口有2万多人，其中来自非洲各地区的黑人（以及他们的混血后商）占总人口的50％以上，统计数字中还包含了个神职人员。盛大的仪式提升了利马的城市形象。一年中不少于天是星期日或假日。有些节日可能延续几个月，比如庆祝西班牙王室新继承人的诞生。节日庆典通常是:总督主持一场向大教堂进发的军事阅兵游行。大主教在那里举行庄严的感恩赞美弥撒。随后人们穿着最好的衣服在街头庆祝、饮酒、听乐队奏乐。所有的行会都参加庆祝活动，奴求、获释奴隶和妇女也是如此。晚上游行队伍更多，有骑兵参加，由市长（alcalde）和检审庭法官（oidores）主持。庆祝活动在焰火和斗牛中达到高潮。
许多假日和节日是宗教性的，用来传授和加强天主教思想及原则。除了教堂、修道院和修女院外，天主教会权力的主要手段之一是宗教裁判所。这个机构在西班牙征服美洲之前就早已存在。年，教皇格列高利九世（PopeGregoryX）设立了直属教皇的宗教裁判所，年由阿拉贡国王（theAragoneseCrown）在西班牙设立，受到多明我会修土的控制，服从罗马教廷的最终裁决。西班牙宗教裁判所由国王斐迪南（KingFerdinand）和女王伊莎贝拉（QueenIsabella）在年设立，除了镇压邪教、魔术、巫术和鸡奸外，还镇压犹太人和穆斯林的秘密礼拜。据19世纪秘鲁散文家里卡多帕尔马（RicardoPalma）所述，利马教裁判所判处44人在火刑柱上烧死（，-）。
主要受害者是来自葡萄牙的犹太商人，显然他们遭谴责的理由更多地是由于他们的经济实力，以及由此产生的竞争对手的嫉妒，而非真正的宗教过失。印第安人逃脱了宗教裁判所的控制，因为他们被认为是“未成年人”，不应该被烧死，而应该使他们皈依。他们传统的崇拜偶像应该被摧毁。从教会在殖民地出现伊始，其主要目标就是使土著印第安人皈依天主教，尽管16世纪70年代以后，这种传播福音的活动有所减弱。教传教对新领地进行精神征服。这种征服并不容易，印第安人坚守其祖先的信仰，并且土著人口操不同的语言，居住十分分散。许多印第安人开始把他们的传统信仰和宗教实践的元素与经过选择的天主教的某些成分结合起来，信仰一种混合式的宗教。这造就了多层次的信仰体系和种类繁多的混合仪式。
会在皮萨罗征服秘鲁之初，就已有几个宗教修会存在于秘鲁，这些修会的成员并不组织在教会通常的教阶之内。方济各会和仁慈圣母会在阿塔瓦尔帕被处死之前就到达秘鲁，奥古斯丁会年首次进入秘鲁。与墨西哥不同，秘鲁早期征服者之间的内战阻碍了使印第安人皈依的努力。直到16世纪中叶，秘鲁的天主教会才发动了大规模反对传统土著信仰的活动。瓦卡（圣地）和祖先（即木乃伊）崇拜被禁止，瓦卡和木乃伊都被西班牙人毁掉。西班牙人的行动引发了年安第斯中部名为“塔基翁克伊”（TaquiOnkoy）的印第安人“末日天启”运动，并一直延续到大约年。
“塔基·翁克伊”运动的宗教领袖要求印第安人回归他们的瓦卡。他们说瓦卡发怒了，因为印第安人忽略了它们；因为瓦卡感到愤怒和被抛弃，为了复仇，它们让疫病流行，使数干名印第安人死亡。土著宗教领袖以此解释人口数量的下降。然而，在耶稣会史学家安托尼内·蒂贝萨尔（AntonineTibesar）的解释里，17世纪早期教会人士成为殖民地重要的社会和经济成员，美洲本土出生的神职人员超过半岛出生的神父人数，并且教会支持殖民地社会的诉求。然而，对教会活动的最终控制权仍然保留在王室手中。
为了供养神父和修女，王室保留着对征收什一税（对农业生产和非印第安人拥有的牲口征收10％的赋税）的控制，并且还对教会活动、建筑乃至大主教的提名作出决定。王室对教职人员的任命权称为皇家“任命权”（patronato）。整个殖民地时期，各个修会如耶稣会或方济各会等的在俗教士与对主教及大主教领导的教会体系负责的在寺教士之间一直关系紧张。王室不得不经常进行干预，划分他们各自在殖民地的职责范围。有时双方的敌对导致身体冲突和抢劫教堂。
教阶内的常规神职人员被长期派往殖民地边陲地区，特别是在亚马孙河流域的部落中传教。年，西班牙王室驱逐耶稣会，政教关系最紧张的时期到来。作出驱逐耶稣会决定的原因在于罗马教廷和欧洲国家之间长期的紧张关系。在西班牙，国王拥有对教会高层的任命权，然而耶稣会自依纳爵·罗耀拉（IgnatiusLoyola，-）将其创建为一个修道会以来，就宣誓服从教皇。（教皇保罗三世［PopePaulII］于年批准了耶穌会的章程。）耶稣会在世俗政权和教会权力之间左右为难，他们被逐出西班牙殖民地与其质疑国王的绝对权力有很大关系。